棉花有如下几种分类方法：
按物理形态来分，棉花分为籽棉和皮棉。棉农从棉棵上摘下来的棉花叫籽棉，籽棉经过去籽加工后的棉花叫皮棉，通常意义上的棉花指的是皮棉。
按长度来分，棉花分为长绒棉和细绒棉，细绒棉的长度一般在25-31毫米，长绒棉的长度在33毫米以上。我国棉花主要是细绒棉。
按加工机械来分，棉花分为锯齿棉和皮辊棉。使用锯齿轧花机加工出来的皮棉叫锯齿棉，使用皮辊轧花机加工出来的皮棉叫皮辊棉。目前我国棉花市场上绝大多数棉花为锯齿棉。
按棉花颜色的不同，棉花分为白棉、黄棉、灰棉和彩色棉等。
按棉花等级的不同，棉花分为高等级棉和低等级棉。